А может лучше autoconfig подправить под е2к? Взять скажем
архитектуру mips64 посмотреть где входят записи и в какие файлы и
подправить. -> flags-ldflags.m4
platform.m4
P.S.
Да наверное так просто не будет. Заглянул в исходники а там куча платформенно зависимого кода в hotspot. Какие то абстракции платформ да еще сборщик мусора оптимизирован под определённые процессоры. Да уж печалька :(