JLink знает адресный диапазон ОЗУ конкретного МК и тупо вычитывает
ОЗУ и ищет сигнатуру.
Это занимает некоторое время, и я обычно вручную указываю адрес расположения структуры RTT командами JLinkCommander, а в программе располагаю эту структуру обычно в самом начале ОЗУ скриптом линкера. Это быстро.
Естественно, адрес расположения структуры в ОЗУ = аргументу JLinkCommander