Все по умолчанию в CAM процессоре (там есть *.job) для gerber. Ну разве что нижние слои указать зеркальными - для удобства просмотра в CAM350 и т.п. Вот для excellon приходится выходной файлик обрабатывать (положение точки) для одинакового масштаба с gerber.