У меня кстати были проблемы с обратным переходом - с F103 на F303.
В программе была заложена возможность обрабатывать поступающие
импульсы через USART и через вход захвата таймера ОДНОВРЕМЕННО. В
F103 это было возможно, т.к. там не надо для альтернативных входов
выбирать альтернативный режим, только включить USART RX и настроить
захват таймера. А вот в F303 такое не прокатило.