Чем регистрируете излучение? Какой корпус у устройства? Питание внешнее? Если да, то какое? Какие интерфейсы торчат наружу?
Какая частота кварца?
Пробовали менять кварц на чуть другой номинал, чтобы убедиться,
что источник помех сидит на этом клоке?
Методы борьбы: экранирование, фильтрация питания и сигналов, идущих наружу, применение более медленной логики и т.д.