1. Если есть свободные каналы CCRх, то можно сделать еще одно
прерывание и от счетчика который генерирует ШИМ в любом месте
данного периода ШИМ. И в этом прерывании запускать АЦП
преобразование. Заодно, рекомендую использовать свободную внешнию
ногу, на которую вывести сигнал при старте АЦП. Проверить себя,
правильно ли выбрал точку старта АЦП. 2. Я не знаю чем еще загружен
процессор и АЦП. Но, можно запустить с DMA несколько преобразований
одного и того же канала АЦП с момента начала PWM импульса.
Можно сделать прерывание после завершения N преобразований, и посмотреть в подпрограмме для этого прерывания все отсчеты этого канала АЦП,
И узнать не только абсолютное значение тока, но и то как быстро он растет....