От этого нет 100 % защиты. Единственный способ защитить эти данные
(опять же не на 100%), параллельно работающие МК. Вроде можно предложить способ. Создание нескольких копий критически важных данных. И отдельная работа с каждой копией. Для дальнейшей работы. В том числе, в случае непредвиденных ситуаций.
Специальный протокол работы с данными. Чтобы, в случае сбоя МК, когда он при сбое ушел по непредвиденному вектору (уточнения не важны), не наделал делов.