Проблема не так страшна, но если хочется побороться, вот варианты: 1. В отгружаемом изделии соединять SWCLK и GND перемычкой на разъеме программирования.
2. Если не хочется возиться с перемычкой, при старте выключать отладку и придумать какое-небудь естественное неоперабельное состояние, в котором и можно включить отладку назад.
Пример: Устройство имеет монитор питания 24В, при подаче питания ждет когда напряжение станет больше 20В, при снижении питания ниже 20В оно сохраняет свое состояние и делает еще что-то. В обоих случаях (в начале и в конце) мы имеем нужное нам неоперабельное состояние, в котором можно держать отладку включенной.