Если у прибора защищены все внешние линии, и сигналы, и выходы, и
питание, то не важно, имеет прибор заземление или нет. При грамотно
спроектированной защите, отсуствие заземления влияет лишь на
подскок потенциала "земли" прибора относительно планеты и на помехи
на других интерфейсах во время действия разряда по одному из
стыков. Важно обеспечить "защиту периметра" прибора, чтобы, если с любой стороны (даже по питанию, даже в корпус, даже в панель управления) пришла помеха, она не могла развить повреждающие разности потенциалов между любыми комбинациями проводников схемы.
Например, если и питание, и линии сигналов, защищены разрядниками, дросселями, резисторами и стабилитронами, а земли нет, то помеха, придя на одну линию, вызовет срабатывание её защиты и подскок земли прибора относительно других интерфейсов. В свою очередь, сработают разрядники других интерфейсов и помеха просто разойдётся в другие провода, а прибор останется цел.
Так что не вижу никакой особой проблемы при отсуствии или не качественном заземлении вашего прибора. Это влияет лишь на распространение помехи дальше, но не должно влиять на сам прибор.