Моделирование на компьютере показало, что добавление емкостей с
линий на землю в требуем диапазоне частот мало что дает. Это при
источнике помех амплитудой и крутизной фронтов, близкой к реальной.
А дает эффект уменьшение импеданса линии по отношению к синфазному
сигналу. Для этого достаточно уменьшить сопротивления резисторов
растяжки до минимально возможного. Примерно при 500 Омах и
паразитной емкости между источником помехи и обеими линиями в
2...3пФ синфазная помеха на входе приемника становится менее 5В и должна быть успешно подавлена дифференциальным приемником. Думаю, что если установить между выходом приемника и входом микроконтроллера дополнительно интегрирующую RC цепочку, обрезающую частоты выше рабочей полосы, проблем не должно быть вообще.