Чтобы все работало как надо, нужно чтобы каждый МК знал состояние
питания своего оппонента (или умел это состояние контролировать).
Иначе ничего не выйдет. В твоем случае получается что когда запитан 1-й МК, надо чтобы и 2-й МК(CR2032) был запитан. Поэтому имеет смысл запитать 2-й МК через диодную развязку или что-то подобное. Альтернатива - измерять питание 2-го МК (CR2032), а это реализовать проблематично.
Таким образом 1-й МК может ни о чем не заботиться, т.к. когда он запитан, то и 2-й МК гарантированно запитан.
А 2-й МК должен уметь измерять питание 1-го МК, и при его отсутствии переводить свои выводы в Z-состояние или в лог.0 (имеются в виду выводы, которыми эти МК соединены)