По идее, ничего особенного не надо, кроме входа на
микропотребляющем. На цифровой вход, можно через делитель - для
уточнения порога, постоянно запитанного МК, подаём напряжение
питания от выключаемого МК. Когда питание у выключаемого МК есть,
работаем как обычно. Если питание просело - переводим выводы
батарейного в состояние высокого входного сопротивления или
логического нуля - что эффективней с точки зрения сбережения
батарейки. Тут достаточно иметь диод где-то между внешним мощным питанием и отключаемым МК. Чтобы если питание пропало и отключаемый МК паразитно запитан от батарейки, чтобы батарейный МК на своём входе всё равно видел отказ питания и переводил свои выводы интерфейса в состояние без высокого уровня.
Повторяю, важно батарейному МК достоверно определить, что внешнее питание отключено. Решите эту задачу - и проблемы с развязкой нет!