Ну хотя бы новые проекты на MPLAB X можно уже поднимать. В MPLAB
регулярно обновляются "паки" поддержик контроллеров, в том числе, и
косяки исправляются, отладка улучшается. Вспомнил - начал писать под AVR именно в MPLAB из-за того, что уже был в наличии MPLAB SNAP. Ну и из-за того, что основная система на ПК на работе и дома - Debian Linux.
Под avr5 пишу прямо сейчас в MPLAB X. Правда, отладка с MPLAB SNAP не работает - как писал выше, несколько чипов запорол (а раньше работало с ними же с другой партией хорошо). Пока не разобрался - бросил - в прототипах пока чипы из ближайшего магазина, неизвестно, насколько они совместимы по отладке с оригналами. Отлаживаю с логическим анализатором и UART, хватает.