Если для контроллера - всегда используем RMII. И PHY берём только с RMII ввиду габаритов и количества обвязки. Ну и трассировать проще, меньше портов на процессоре занимает. Если использовать KSZ8031, то можно подать тактовый сигнал 25 МГц на PHY от генератора контроллера