Зависит от тербуемой скорости выборки. Для максимальной скорости: 1) Стартуем WAKEUP по таймеру МК. 2) Опрашиваем в удобном порядке - забираем предыдущие результаты; 3) МК можно поспать - ждём DRDY от всех (готовые начнут новую выборку, но не важно - прервём); 4) Программируем MUX на другие каналы, если нужно (текущее преобразование всё равно будет прервано). 5) Даём SYNC (обрываем текущее преобразование, чтобы начать новое синхронно) Переходим в начало.
Период таймера для п.1 выбираем таким, чтобы гарантировано успеть сделать все пункты и оставались необходимые паузы.