При каждом срабатывании ловушки захвата анализируйте TAIFG и значение TACCRx. Если TACCRx меньше периода времени, необходимого для входа в прерывание и считывания значения TACCRx, то прибавляйте к текущему значению 32-х битного программно-аппаратного таймера 0x00010000 и устанавливайте флаг, что переполнение уже учтено.