Проблема-то есть. Знай вы всё наперёд, вопроса бы не возникло. Судя
по переходному отверстию у кварца, ваша разводка нарушает
рекомендации из статьи Алексея Кузнецова по ссылке. Проверьте, как
течёт ток по земляному полигону. Иногда, для сбоя достаточно
собственной ёмкости платы. Необязательно помехе течь между
соединениями с внешним миром. Если платы сбоят в собранном приборе, может быть наводка от кабеля или шлейфа, проходящего в непосредственной близости от платы.
Впрочем, это я просто по-умничал. В вашем случае дело, скорее, не во внешней помехе, а в сбое исполнения кода из-за нестабильности питания и не верного порога BOD, как отметили коллеги.