У меня тоже есть версии - аппаратные и программные. Взять
обязательно сбоившую плату. 1) Заменить конденсаторы по питанию 0.1 на 1. Измерить эти 0.1. Соответствуют ли.
2) Осциллографом посмотреть работу кварца.
3) Проверить и рассказать нам, что весит на пинах BOOT, Reset, SWD, uart-tx.
Не помогло? Переходим к прошивке.
1) Какая частота используется? Всякие Latency/WaitState для кода выставлены, а если добавить?
2) Стирание/запись флеша - прожорливая операция и долгая. Я бы добавил задержку 0.1с после стирания/записи.
3) HSE включается, стабилизация и ожидание добавить.
4) MPU не пробовали вырезать от исполнения всё, кроме разрешённого.