Может, поможет: настройка таймера в режиме энкодера - https://github.com/eddyem/stm32samples/blob/master/F0%3AF030%2CF042%2CF072/3steppersLB/hardware.c#L105
В режиме счета еще проще, просто я не припомню, чтобы в каком-нибудь устройстве это использовал. В общих чертах: все и по мануалу достаточно просто делается, главное - не забыть правильно настроить GPIO (альтернативная функция и/или ремап).
P.S. А, там третий канал именно…