у меня и было и есть множество аппаратных отладчиков-эмуляторов. и
почти во всех при чтении чего-то статусного битики сбрасываются. и
в доках про то написано. например читать регистры всяких таймеров
отладчиком очень нежелательно. предлагается читать их в программе,
записывать значения куда-то во временный регистр\ячейку памяти или
еще куда-то, и уж затем это значение и глядеть отладчиком.