Разница была в том, что в makefile и в cmake по-разному именовались
выходные объектные файлы, а в .ld конфиге использовалась нотация из
makefile. Поэтому данные из объектных секций "уходили" в bss вместо
sdram. Нужно было изменить фильтр по именам файлов в конфиге
компоновщика.