Не путаем Зеленоград с Воронежем. В Воронеже действительно было послойное копирование родных кристаллов. В Зеленограде разрабатывались свои кристаллы с совместимой системой команд. Знаю со слов разработчиков и по собственному опыту. Мне приходилось сталкиваться с ошибками в реализации системы команд на 1801ВМ3, часть из которых была убрана в более поздних ревизиях кристалла.
Про x86 ничего не скажу - просто не имел с ними дела, насколько я помню, ими занимался Минск или Киев.