Средства и методы разработки

"Window"->"General"->"Workspace" чекбоксы должны быть включены "Refresh using native hooks or polling" и "Refresh on access". Эти галки включают уведомление от файловой системы в Eclipse о том, что файл изменился (первая галка отвечает за изменение исходника извне Eclipse), иначе Eclipse не хочет быть дураком и индексировать неизменённые файлы.