Единственный способ понять как работают таймеры - читать
реф.мануал. Всякие кубы и халы не помогут, а просто удвоят объём
того, что нужно прочитать ( и понять!). Всё что может сделать
мастер - это выдать сигнал TRGO (см. картинку с изображением
таймера). Дальше уже забота слейва. У него можно выбрать из четырёх входных сигналов ITR0..ITR3 тот на который приходит TRGO от мастера и выбрать как он будет на этот сигнал реагировать.
Читаем раздел "TIMx and external trigger synchronization" и подразделы Slave mode: Reset mode, Slave mode: Gated mode, Slave mode: Trigger mode ...
Кроме Slave mode контроллера есть ещё несколько подсистем: Time-base unit, Capture/compare, генерация выходных сигналов OCx/OCxN, и т.д.
Ещё больше наворотить можно используя DMA чтобы писать в регистры таймера.