Если в тех библиотеках нет какой-нибудь экзотики типа перемещаемого
кода или TLS (thread-local storage), нет особой проблемы
использовать их с другим компилятором. В крайнем случае потребуется
написать прокладки для вызова функций из библиотеки, это несколько
строчек на асм. Но надо хорошо знать свой компилятор/линкер и
поразбираться с особенностями "чужого".
Жизнь есть способ существования белковых тел в борьбе со вторым началом термодинамики.