Каша у тебя в голове полная - автоскан нельзя так насиловать При автоскане DONE выставляется только тогда, когда преобразованы все выбранные в AD1SSL каналы, а не после завершения преобразования каждого канала. Но так как ты не сконфигурировал AD1CON2bits.SMPI (они остались по умолчанию в 0000, что означает окончание цикла сканирования после каждого
первого преобразования), то у тебя "сканироваться" будет только AN12, что ты и видишь:
If the number of scanned inputs selected is greater than the number of samples taken per interrupt, the higher numbered inputs will not be sampled.
Выходов ровно два - либо отключить автоскан и продолжать тупо работать поллингом, руками переключая каналы после каждого DONE, либо сделать так, как и задумано разработчиками этих АЦП - включить автоскан, сконфигурировать и задействовать ADC DMA, и по получению ADC DMA Interrupt преспокойно выгрести данные из разных буферов