Некоторым образом парадокс преодолён для микроконтроллеров USB AVR. http://atmel.com/dyn/resources/prod_documents/doc7618.pdf
Они поставляются с загрузчиком в boot-области программной памяти.
Описание по ссылке. Связь по usb.
Поддержка со стороны компьютера -- FLIP под управлением AVRStudio.
Для mavpsk: могу посоветовать приобрести стартовый набор AT90USBKey или посмотрите на проект
AVRopendous