Нужно что-то, что сможет перекодировать eep в hex в совместимом с
MPLAB X фоля поддержки контроллера, среда использует подходящий
"pack" (DFP?). Вот тут утверждают, что eep это просто hex.
https://forum.cxem.net/index.php
Возможно, если поправить адреса на адреса EEPROM MPLAB X и добавить содержимое eep в hex с программой, то PICkit прошъёт и то, и другое.