Сталкивался, не с АЦП, но суть та же - бита готовности нет,
состояние FIFO не отражает настоящего наличия данных (дефект чипа).
Попробуйте так: после завершения преобразования, каждый раз
вычитывать из буфера больше, чем могло быть преобразовано за
прошедшее время. Затем ожидайте дольше, чем длится одно
преобразование. Читайте пару отсчётов снова. Так гарантированно в
буфере будут один или два свежих отсчёта. Использовать первый из
них. С джиттером, с размахом в плоть до одного периода такого опроса, придётся мириться.