Не все понял, но как раз сейчас занимаюсь чем-то подобным. В
агрегате объединены шиной CAN ~надцать рядовых модулей и один
главный, периодически (раз в сколько-то секунд) рассылающий
высокоприоритетное широковещательное сообщение с содержимым своего
32-битного счетчика, каждый тик к-рого равен 10мс. Требуемая точность по времени - порядка 20-30мс, поэтому сделано довольно дубово без всяких подстроек фазы счетчиков модулей. Кажется, с подстройкой фазы к моменту прилета синхросообщения можно уложиться и в 5мс.