Я бы предложил не трогать этот BCD-счетчик, пусть считает. А
коррекцию (4-байтовое значение в секундах) хранить в
BACKUP-регистрах. https://caxapa.ru/515988.html
В программе МК выполнять пересчет с помощью mk_time или макросом по ссылке.
Это можно делать однократно при старте, и затем вести счетчик секунд в прерывании RTC. Ну и добавлять к нему коррекцию из BACKUP-регистра.