Как удобно - так и делай. У меня большинство применений АЦП - это
измерения с частотой опроса в миллисекунды. Я при этом не использую
ни ДМА, ни даже прерываний АЦП. Просто в миллисекундном таймере
SysTick читаю регистр данных АЦП и тут-же запускаю преобразование
для следующего раза. Зачем усложнять?