Программисты (к коим я не отношусь) умеют править исходники в текстовых редакторах ;-)
Для этого sch или pcb вначале нужно сохранить в ASCII-формате. Save As ... и т.д.
Затем открыть в текстовом редакторе этот файл, найти параметры sheetOrderNum для каждого sheet и расставить нумерацию в желаемом вам порядке.
На скриншотах пример, где я создал схему из 4 листов, обозвав из Sheet1, Sheet2, Sheet3, Sheet4. Затем удалил второй лист (Sheet2). Затем добавил его (Sheet2) в схему вновь, но он стал 4м по счету и в результате манипуляций получился такой порядок листов - Sheet1, Sheet3, Sheet4, Sheet2. Отредактировав параметр sheetOrderNum я упорядочил их вновь по возрастанию номера.