Там 40мс длина импульса. Соответственно, больше 100 раз в секунду
опрашивать не нужно. И не надо тут всякую ерунду нести. Особенно
про "наводки": какие, нафиг, могут быть наводки на пушпульной
схеме? А если там открытый сток, то резистор подтяжки поменьше
взять - только-то и всего. Если же хочется прямо-таки гарантированно считать - взять 50-рублевый STM32F103C6T6, на его основе и сделать счетчик. А к одноплатнику хоть по USB подключить.