Например, стр. 321 RM0008: "Slave mode: Trigger mode". Т.е. настраиваем нужный канал (1 или 2) на захват восходящего или нисходящего фронта. При необходимости - настраиваем входной фильтр (антидребезг и т.п.). В регистре SMCR в поле SMS пишем 0b110, а в поле TS - конфигурацию канала (1 или 2). Все, как только на захватывающий вход попадает нужный импульс, таймер запускается. Понятно, что сконфигурировать его нужно в однократном режиме.