Могу предложить из интереса проверить такую гипотезу: Если проблема из-за прерываний, может она связана с тем что контроллер прерывания пытается получить адрес обработчика из таблицы векторов в тот момент, когда флешь заблокирован, и это каким-то образом приводит к сбою. Можно попробовать разместить таблицу векторов в ОЗУ.