С WDT разобрался, это мои косяки были в скриптах установки
отладочного соедения. В отладочной и релизной конфигурации я отключал тактирование WDT при установленном отладочном соединении, поэтому сбой при установленном отладочном соединении приводил к тому, что WDT не срабатывал.
Если подать питание и не устанавливать отладочное соединение, то WDT штатно работает и от 12 МГц, и от 32'768; ядро сбрасывается при возникновении сбоя.
Таким образом, имеется возможность минимизации последствий сбоя. Но пока не выяснена причина.