Большинство носителей фамилии ведут своё происхождение от крепостных крестьян князей Гагариных. В 1861 году в ходе отмены крепостного права в России крепостные крестьяне, до тех пор не имевшие права на фамилию, нередко записывались по фамилиям прежних владельцев. Многие тысячи крестьян Смоленской, Рязанской и некоторых других центральных губерний Российской империи стали Гагариными, потому что многочисленные князья Гагарины имели в них значительные владения. Тем не менее, прозвище «Гагара» носили и исторические лица некняжеского сословия, например казанский паломник Василий Гагара в начале XVII века или помещик Перховского погоста Иван Гагара (1500 год).
Крестьянское происхождение и у самого известного носителя фамилии — первого космонавта планеты Юрия Гагарина, родившегося в деревне Клушино Смоленской области. В этом случае происхождение фамилии не связано с крепостным правом. Среди предков Юрия Гагарина первый носитель фамилии Гагарина — дед космонавта Иван Федоров (Федоров здесь отчество, а не фамилия) по прозвищу Гагара, государственный крестьянин из деревни Конышево.