"Не так" - значит неправильно. Я если честно не углублялся в детали
реализации твоей задачи. На это надо время. Но мне кажется не
должно быть никаких трудностей с изменением параметров сигнала
(частота, скважность). Есть же в конце концов теневые регистры,
которые и придуманы для того чтобы не было сбоев в выходных
сигналах. Но не буду спорить - не готов углубляться в тему.