По п.4 - привыкайте. Для XMEGA Атмел перешел на такую же систему. NXP использует ее изначально для LPC. Тексас использовал ее с момента зарождения MSP430. По п.1 - очень просто. Если вектор имеет один источник - он сбрасывает флаг. Если в обработчике надо читать регистр xxxIV - чтение сбрасывает флаг.