Ну Вы, батенька, уже доводите ручками... DRC сравнивает с исходником. Если уверены в отсутствии тех. нарушений, то просто игнорируйте.
Кстати, есть функция воостановления схемы из платы. Но какова надобность?
Создайте в паттерн эдитор и создайте как РЭК. Я создавал "мутантов", имитирующих пины и луженые дорожки рядом находящихся РЭК, чтобы уложиться а nonprofit лицензию. Правда DRC ругался что пины замкнуты между собой. А Вася слушает да ест😼