У меня ST-LINK (и не только) нормально работает через адюмовскую
гальваноразвязку. Ничего особого с готовым алишным модулем не делал, только DCDC штатный выломал, питание изолированной стороны отдельная USB зарядка, питающая изолированный хаб.
Куб не юзаю, просто прошивальная утилита от СТ, зато в виртуальной машине.