Это нормально. Камней много появилось, в том числе и монструозные
32-бит. Слишком многое надо поддерживать. У меня установка MPLAB X, со всеми обновлениями, если включать поддержку всех камней, занимала гигабайт 8. Кроме того, каждому типу контролеров нужен свой порядок программирования, программатор першивается для разных чипов по-разному. Поэтому поддержку и поделили на "паки", которые включают в себя заголовочные файлы для компилятора и компоновщика, а так же содержат программы для программатора.
Нужно открыть менеджер пакетов и установить "пак" для нужной архитектуры. Для обратной совместимости со старым проектом, можно установить пак предыдущей версии. Версия используемого проектом пака выбирается в свойствах проекта.