Может, вы не поняли, что падение напряжения на дросселе сильно
фильтруется и получится лишь измерить средний ток на большом
интервале, а не по-импульсно? Суть в том, что один вход - это
фильтрованная постоянка после силового дросселя, а другой -
фильтрованные силовые импульсы. И если разность между этими
напряжениям тоже зафильтровать, получим представлене о среднем токе
по среднему падению напряжения на дросслее. Обычно, контроллер нарочно рядом с дросселем и ключами стоит и ничто не мешает даже температурную компенсацию падения напряжения на дросселе предусмотреть.