Без принятия специальных мер, нельзя рассматривать вашу плату
отдельно от соединяющих её с внешним миром проводников, включая
крокодил щупа осциллографа. Вероятно, у вас помеха наводится не между землёй и питанием, а между разными участками земли.
Хороший синфазный дроссель по входу преобразователя стоит? Попробуйте поставить.
Какие провода от аналоговой земли выходят наружу из платы? На эти сигналы тоже синфазные дроссели.
НЯМС, преобразователь, опираясь на входной провод, генерирует помеху импульсы тока между своими входом и выходом, вдувая помеху вам в землю. А дальше - как сложится. Чем больше электрическая ёмкость и ниже импеданс отвода земли, выходящего за пределы платы, и вообще, чем больше ёмкость и проводимость самого полигона относительно земли преобразовтеля - тем выше ток помехи от преобразователя в направлении этого земляного сегмента. Где прошел ток с крутым фронтом, там и упало напряжение.
Либо у вас сверхточная схема, либо вы совершили ошибку, обрабатывая сигналы несимметрично, без учёта потенциала земли, откуда сигнал приходит.
P.S. если есть металлический корпус и если допустимо, соедините землю прямо с контактной площадки вывода выхода преобразователя, с корпусом. Напрямую или Y-конденсатором, если прямое соединение недопустимо по соображениям электробезопасности.
P.P.S. Синфазный дроссель по входу DC/DC, (следует) ставить прямо на лапки преобразователя, а не на выходе источника питания.