Секунды из регистров RTC вытаскиваются только при запуске, а далее
все должно работать от системного кварца. И никаких проблем с
синхронизацией. Так-же при работе время считается по системному кварцу, как более точному и термостабильному. А разница, которая набегает между часовым и системным кварцем накапливается и используется для коррекции счетчика RTC, или сохраняется в Backup-регистрах.
Это правильный путь, когда в системе есть часовой и системный кварцы.
Ну и стоит озаботиться адекватной обвязкой системного кварца, чтобы он считал ТОЧНО. Обычно об этом не думают, а потом удивляются - почему системный кварц врет аж на 100ppm.