Чувствую, дело в переменных EFI, которые прописываются в BIOS при
установке загрузчика. Пути, которые указывает/видит GRUB не
соответствуют тем, что видит BIOS. Гляньте ещё в Линуксе efibootmgr, вроде так называется утилита. Покажет, что и как прописано в загрузке EFI.