После получения доступа к диску на физическом уровне, винде по барабану, что там в бут секторе или что там в таблице адресов. По такому же принципу работает прога WinHex (название на 100% процентов не гарантирую, если нужно точно то в понедельник на работе). Эта прога позволяет открыть диск на физическом уровне и посмотреть содержимое диска по каждому адресу или открыть диск на уровне файловой системы и соответственно в этом случае на диске должна быть файловая система.