Схемы, платы, компоненты

Навскидку, вижу "GSM", значит, токи могут быть амперы. Для такого у вас катастрофически мало конденсаторов и они далеко от ключевых узлов. Особенно, если плата всего лишь двухслойная и земляной полигон порезан. 

Во-первых, нужны большие ёмкости, и не по одному конденсатору, а по две-три рядом с каждой микросхемой. У керамики падает ёмкость с ростом напряжения и от изменений температуры. Для подобной разработки, я брал нелинейные модели конденсаторов от производителя (у Мурата были и работали в LTspice). И гонял в модели по температуре, с оценкой пульсаций. Получалось, что для всего пары ампер, нужно даже не два, а три конденсатора на меньшем напряжении и пара конденсаторов на большем (у меня не 12, а 24В). Конденсаторы более 10мкФ мне не понравились - у них хуже подавление на ВЧ в той части спектра, в которой ещё создают помехи преобразователи. Впрочем, у вас напряжение ниже и типоразмер, а значит, частотные свойства похожи на мои. 22мкФ может быть нормально, но их нужно больше. Они не идеальны.

Во-вторых, у меня входы преобразователей развязаны от выходов ферритовыми бусинами на подходящий ток с последовательными резисторами. Резисторы нужны, чтобы задемпфировать резонанс бусины с блокировочными конденсаторами. И в модели, и на практике заработало хорошо. Резисторы оказались полезны для диагностики - удобно тыкать вольтметром и смотреть падение напряжения как на шунтах. Но если КЗ - или срабатывает ограничение по току стабилизаторов, или предохранитель от источника питания. Резисторы не сгорают, так как выбраны достаточной мощности. Так же, ферритовые бусины стоят на входах/выходах питания. Чтобы не фонить остатками пульсаций и звоном переключений преобразователей вовне.

В третьих, проследите, чтобы земли ИМС стабилизаторов сидели коротко на земле выходного фильтра - выходных блокировочных конденсаторов. И чтобы обратная связь по напряжению подавалась прямо с этих конденсаторов, а не откуда-то поодаль.

В четвёртых, следите, чтобы земли конденсаторов на входе преобразователя были близки к земле конденсаторов на выходе преобразователя. В идеале, чтобы они стояли попка-к-попке и микросхема своей землёй смотрела прямо в серединку между ними.

В пятых, цепи дросселя и его диода делайте кратчайшими и в одном слое. Прямо чтобы для них не нужны были дорожки - так, чтобы они своими выводами становились друг к дружке на пятачки без нужды в дорожках. Так редко бывает, но стремитесь к этому. Самое излучающее помехи - это цепь "SW" преобразователя. Она сама резко скачет своим напряжением, создавая наводку электрической составляющей поля. А её ток и ток диода - создают импульсы магнитной составляющей поля помехи. Поэтому чем меньше площадь пятачка SW (меньше электрической составляющей помехи) и чем меньше длина цепи диода от SW до блокировочного конденсатора (меньше магнитной составляющей помехи) - тем лучше.

В шестых, убедитесь, что цепи обратных связей по напряжению микросхем не соседствуют с цепями SW соседних стабилизаторов. Разделяйте стабилизаторы кольцом-полигоном земли. Если слой земли разрывается для дорожек подвода-отвода питания от стабилизатора, а так же дорожкой EN, то обязательно соединяйте разрыв земляного полигона перемычкой через ряд переходных отверстий на другом слое. Чтобы земля не образовывала вокруг преобразователя не замкнутой петли, незамкнутого витка. В противном случае, на концах этой незамкнутой петли, будет наводка от тока пульсаций преобразователя.

В седьмых, желательно, чтобы все входы-выходы, все внешние подключения были сделаны компактно, с одной стороны платы, с общего земляного полигона. Так, чтобы если между разными кабелями, между их землями, пойдут токи помех и наводок, чтобы они прошли между кабелями по короткому, широкому пути, не затекая на часть платы с электроникой. Этот же подход, не даст вашим кабелям стать антенной для излучения наводок, создаваемых электроникой вашей платы. На эту же земляную зону концентрации кабелей и разъёмов, следует подключить и провод заземления корпуса.
Плохой пример: в середине платы - мощный преобразователь. Полигон земли изрезан. И по разным краям платы - разъёмы для подключения кабелей. В таком, плохом, случае, помехи преобразователя, получат возможность трансформироваться на полигон земли, между разными краями платы будет напряжение помехи, наведённое на землю. А кабели станут элементами антенны-диполя. Тест ЭМС будет гарантированно провален.
Если необходимо (необходимо) выводить сигналы на кабели или другие платы по разным сторонам, то желательно защищать их от помех (в обе стороны) ферритовыми бусинами как на сигнальные цепи и цепи питания, так и на земляные цепи.

В восьмых, относитесь к любым сигналам и питаниям, пришедшим извне платы как априори загрязнённым помехами. Перед принятием питания или сигнала в работу, защитите вашу схему от гипотетических наносекундных помех и наводок всевозможных частот.

Моя самая сложная плата, построенная по этим принципам, с тремя преобразователями и инвертором для отрицательного питания, с АЦП для метрологии, заработала полностью с первой же версии. А сама система в целом, с моей платой, самой первой версии, и платами коллег, получавших от меня обратную связь, с первой попытки прошла тесты ЭМС.

P.S. Чтобы не возникло иллюзий - у меня платы были четырёхслойными.