не совсем понимаю... у нас тут бывает дебаг и недебаг сборка ELF
файла, а вот бинарь который шьется один и тотже - независимо. и
отлаживается то на хосте, с таггете исключительно читаются и
пишется по адрресам и регистрам. тоесть бинарные данные в МК
идентичны. а вот условия работы действительно разные. например -
если запускается без отладчика - все летит с тактовой частотой.
если запускает отладчик он тормозит процесс и стопит например на
main. и если есть чтото время-зависоме в инициализации внешних устройств то... таки да - может перестать работать. но это код непрвильно написан.